屯门体育会前身为青山体育会，于1962年由柳子元、陈中行及蔡顺安向政府注册成立，1963年由陈日新太平绅士创办，已有 40 多年历史。

　　在2006年之前，屯门区都是由屯门足球会代表参加香港丙组(地区)联赛，当时屯门足球会为屯门体育会的属会[1]。直至2006-07年度开始，卢光中出任屯门体育会足球部部长，带领球队参加香港丙组(地区)联赛，成绩拾级而上，更于2008–09年度的香港丙组（地区）联赛，以14战11胜3和得36分的不败佳绩夺得冠军。其后于丙组总决赛，先后以击败德高朋友﹑西贡及浩运，以三战全胜佳绩，首次成为丙组总冠军。曾是香港五人足球代表队成员的队长朱国良赛后表示：“希望升班能提高屯门足球的形象，因为有些人误会我们跟屯门普高有关。”[2]

　　屯门在2009–10年度升上乙组后，继续保持良好表现，最终球队于第15轮赛事以4－0大胜安华后，以15战10胜2和3负得32分，成绩仅次于得37分的港会，提早一轮夺得乙组联赛亚军[3]，首次获得升上甲组作赛的资格，带领球队取得升班资格的教练梁帅荣表示，升班后人脚将会有大改变，目标罗致在甲组效力或已流失的屯门人加盟[4]。不过，梁帅荣由于要兼顾澳门足球代表队教练工作，升班后不再担任屯门教练[5]。

　　为增强球队实力，屯门于2010-11年度球季开始前罗致了晨曦门将魏钊及大埔中场陈衍光，并且留用队长朱国良、萧亮、郑廷智、梁国威、周绰丰、杨振雄、叶国熙等升班功臣[6]，配合4名塞尔维亚新外援，角逐甲组联赛。2010年9月19日，屯门作客九龙湾公园以3－1击败大中，赢得升上甲组的首场胜仗[7]。

　　2010年9月25日，屯门首次于主场迎战另一支新界地区球队和富大埔，当日有1,973人坐拥可以容纳2,200名观众的屯门邓肇坚运动场观战，入座率超过九成，场面相当热闹，可惜屯门以1－2败北。更被揭发在比赛期间派出超额外援，遭香港足球总会判罚以0－3落败的处分。不过，这次事件并无打击屯门的士气，相反球队每日操三课加强体能，表现日趋进步，更成功终止南华于该届联赛的长胜纪录[8]。最终球队以第8名完成在甲组的首个球季，并成功吸引屯门街坊支持，屯门在该季7场主场比赛平均录得1240名观众入场，入座率仅次于班霸南华[9]。足球部部长卢光中于季后宣布下届不再兼任教练，并邀请狄恩接任。[10]。

　　2011年－12年度球季，新任会长陈强宣布新一季班费增至600万港元，并邀得叶子俊、凌琮、域奇、马高逊、比图、宾曹、亚古沙等球员加盟，以及聘请两名足球宝贝于主场赛事为球队打气[11]。纵然球队在季中有狄恩因母亲患病，需返家乡侍母而辞去教练职务，由助教甄力健接任，但球队仍能保持良好表现，最终球队于该季以18战5胜8和5负得23分，排第6名，更成功打入高级银牌赛四强。