1995年，在当时的福建省委书记贾庆林的倡议下，厦门开始筹备成立足球俱乐部，以期结束厦门甚至福建没有职业足球队的历史。这一工作由当时的厦门市委书记石兆彬亲自过问。
　　1996年2月23日，厦门足球俱乐部正式成立。这是一个股份制的俱乐部，由51家股东组成，注册资金3000万元人民币。董事会由13名股东组成，厦门航空公司的副总经理宋成仁出任第一任董事长，体育硕士陈理通过公开竞聘成为厦足俱乐部第一任总经理。
　　1996年，原国家队主队队员、原天津队主教练沈福儒出任厦足第一任主教练，带队参加全国足球乙级联赛。虽然在小组赛中仅名列第三，但因另一组的第三名自动弃权，使厦门队幸运地参加了最后阶段的比赛。然而厦足没能抓住这次机会，兵败武汉。厦足第一次冲击甲B失败。
　　1997年，原大连队主帅张宏根出任厦足第二任主教练。比前任更为不幸的是，在张宏根带领下的厦足连小组都未能出线，再次被甲B拒之门外。然而事情的转机出现在了比赛结束之后，当年年底，厦足俱乐部出资1680万元人民币收购了广东佛山佛斯第俱乐部，使厦足自动取得了明年参加甲B的资格。
　　1998年，原国家队教练谷明昌接过了过渡性主教练、厦门本土球员及教练陈庄庄的教鞭，成为厦足第四任主教练。队中21名球员来自13家俱乐部，厦足由此成为国内成份最复杂的球队。在性格沉稳、颇有儒帅之风的谷明昌的带领下，厦足在当年的甲B联赛中6胜10平6负积28分，最终排名第六，并创造了主场无一败迹的纪录。这个成绩对第一年打甲B的厦足来说已属不易，但对在球队成立之初便提出“三年冲甲A”目标的厦门市领导来说，却不能接受。于是，在1999年，曾带领大连万达连夺二次联赛冠军，并创造50余场主场不败的原大连队主帅迟尚斌接替谷明昌成为厦足第五任主教练。
　　1999年是厦足最辉煌的一年。在迟尚斌的带领下，厦足在联赛一开始便稳居积分榜榜首，并提前两轮实现冲A目标，提前一轮获得甲B联赛冠军。当年厦足的成绩为14胜4平4负。
　　2000年，迟尚斌未能续写他在厦足的神话。厦足在有史以来的第一次甲A联赛中，高开低走，最终以6胜5平15负积23分排名倒数第二的成绩，又回到了甲B行列。厦门足球俱乐部已于2001年2月8日正式由厦门卷烟厂控股，并取得冠名权，将足球队易名为“红狮”队。
　　2005赛季由厦门吉祥石狮更名为厦门蓝狮队。