1993年日本职业足球联赛举办首届赛事，1999年起联赛拆分为日本职业足球甲级联赛（J1联赛）及日本职业足球乙级联赛（J2联赛），同时设立升降级制度，2014年开设日本职业足球丙级联赛（J3联赛）。2017赛季，J联赛共有来自日本38个都道府县的57家足球俱乐部加盟，其中J1联赛有参赛队伍18支、J2联赛22支、J3联赛17支，另有6家日本足球联赛（JFL）俱乐部成为日本职业足球联赛百年构想加盟会员。

日本在20世纪初期才推行足球运动，在全国各地陆续开设足球学校，并于1921年举办了第一届全国杯赛(1946年易名为现今的天皇杯)。日本全国联赛于1965年正式成立，但球队全部由工业财团赞助，球队名称也是以工业财团为命名，例如古河电工、三菱重工、日产汽车，球会经费全部由工业财团承担，故此球队名字全部沿用财团的名称。80年代,日本以相扑及棒球比较受欢迎，足球当时仍未普及，日本足总希望能够组织一个职业足球联赛，能够将足球会成为一个职业性的独立个体。由1988年开始商讨，直到1993年首届日本职业足球联赛成立。

首届日本职业足球联赛只有10队队伍参加，并且获得约2,000万美元（约1.56亿港元）资金重组，全面革新，放弃旧制度，禁止球队以商业赞助命名，改用所属城市名称。最终冠军由川崎读卖夺得。J·LEAGUE参赛队伍逐年不断增加，由首届10队球队参加，增至2005年有18队球队参加。由于90年代初日本经济发达，得到强大的消费力推动，令J·League声名大噪。此外，广泛的电视转播及市场推广令球会收入大增，因此球会有财力输入大量来自世界各地的著名外援球员，而日本国家足球队的实力得以提高，1998年更首次出席世界杯，可惜90年代末经济遭受重大打击，加上亚洲金融风暴，J·League一度步入低潮，球赛入座率大减，但随著2000年推出足球彩券及成功举办2002世界杯决赛阶段，令J·League发展亦止跌回升。其后多名日本国脚先后重登陆欧洲，并且取得不错的成绩。J·LEAGUE在早期为日本足球建立一个很好的基础，令日本成为亚洲最实力的足球强国之一。

2020年9月11日，球会体育正式宣布获得2020赛季日职联、日职乙、韩K联、澳超、美职联、荷甲、瑞士超、丹麦超赛事直播版权。

1998年，日本职业足球联赛实施甲级联赛（J1联赛）参赛附加赛赛制，附加赛胜者在次年参加J1联赛，败者将参加次年首届开幕的第二级别职业赛事。

1999年起，日职联导入乙级联赛（J2联赛），同年起设联赛升降级制（该年的J2联赛参赛俱乐部为加盟日职联并在1999年日本足球联赛(旧JFL)取得前12名的9只俱乐部）。

2012年，日职联启用俱乐部许可证制度交付规则，2013年正式实施。制度规定日职联将每年对俱乐部进行财政、基础设施等方面的审查，并对审查合格的俱乐部按标准发放J1、J2或J3联赛牌照。当球队符合升级上级联赛资格但未持有所属联赛牌照时，将被取消升级资格 。

2014年，日职联导入丙级联赛（J3联赛），日本第三级别联赛日本足球联赛（JFL）变更为第四级联赛，同年J2降级联赛对象由JFL变更为J3联赛。